La Fuerza depende del Ministerio de Seguridad y es la única fuerza de seguridad naval.
Esta fuerza tiene como labor proteger la salida y entrada en aguas nacionales, registro de buques y control de condiciones de seguridad de acuerdo a las leyes del país y los acuerdos internacionales.
Se trata de una autoridad marítima que ejerce la policía de seguridad y judicial, garantiza la navegación y las vidas humanas, así como los derechos y las obligaciones de aquellos cuyo oficio está relacionado con las vías marítimas y fluviales y las actividades portuarias, aplicando las leyes pertinentes.
Su jurisdicción abarca las vías marítimas, fluviales y lacustres de todo el país.
Actualmente esta Fuerza es conducida por el Prefecto Nacional Naval, prefecto general Mario Rubén Farinon y el Subprefecto Nacional Naval prefecto general Jorge Raúl Bono.